Theoretisch sollte natürlich immer alles funktionieren 
In der Praxis tut es das oft leider nicht, wie man am Problem von HR sehen kann.
Ich selbst habe das so noch nicht ausprobiert, da ich einen anderen Workflow benötige. Die Files, die ich aus AE exportiere werden meist in Premiere importiert und dort geschnitten, vertont und gegradet. Deshalb ist ein direkter H.264 Export aus AE für mich nicht sinnvoll.
Ich bin mir aber recht sicher, dass HR mit meinem Vorschlag sein Qualitätsproblem in den Griff bekommen würde.