Schon mal versucht das Ganze über Maskenkanäle zu lösen?
Eine Datei mit 9 quadratischen Masken geöffnet und die dann in der Aktion des *.exr laden.
copy-new-paste-save_as-close
Nur wie das dann mit den Dateinamen läuft (Seriennummer?) weiß ich nicht. Kann sein, daß der Batch dann das ganze Bild nochmal als Dublette mit reinschreibt. Es werden ja 9 neue Dateien aus der Aktion heraus erzeugt - die Aktion im Batch bezieht sich auf das geöffnete Bild.
Wahrscheinlich kannst du so eine Funktion mit Javascript recht schnell selber bauen.
Muss das denn zwingend in PSD sein ? Wenn es dir nur darum geht aus einem Bild 9 Tiles zu generieren, ginge das vielleicht auch noch ganz anders.